第二节：魂之箱
step5.第二座资源回收塔是在水淹之城，其名为“魂之箱”。
这座塔是靠骇入技术闯关。第一层只需要骇入一个宝箱。
在二层会找到四个宝箱（1、2、3、4/4），这里面则是材料和武器，这把武器是信义，是9S最强的短剑（不过9S是靠骇入战斗的，武器其实意义不大）。
进入到三层，这里的骇入宝箱有三个，它们都处于上层的漂浮平台上，需要逐层跳上去（而不再是搭乘电梯）。
在三层骇入最后一个宝箱后获得档案“黑匣子”。
step6.来到屋顶上骇入核心，可是9S却进入到自己的内心当中，关于2B的记忆逐渐被敌人所删除。
这时候9S要面对攻击套路和亚当、夏娃一致的立方体敌人，同样也是靠骇入击倒对方。
战斗结束后，9S不断用到捅2B的尸体，可是他自己却全然不知，最终拿到了第一个存取键。
剧情：9S已经处于不可挽回的疯狂状态当中，Pod042建议Pod153对9S进行休息检查资料和维修作业。
不过9S的NFCS出现故障，只能够直接回到反抗军营地休养。
step7.前往反抗军营地，期间9S行走都是一瘸一拐的。
随后Devola两姊妹会为他进行修复。她们劝诫9S不要自己去寻死，如果2B还在世的话是不允许他这么做的。